Decode file DICOM untuk pencitraan medis

Lihat di TensorFlow.org Jalankan di Google Colab Lihat sumber di GitHub Unduh buku catatan

Ringkasan

Menunjukkan tutorial ini bagaimana menggunakan tfio.image.decode_dicom_image di TensorFlow IO untuk decode DICOM file dengan TensorFlow.

Pengaturan dan Penggunaan

Unduh gambar DICOM

Gambar DICOM yang digunakan dalam tutorial ini adalah dari NIH Dada X-ray dataset .

NIH Dada X-ray dataset terdiri dari 100.000 gambar de-diidentifikasi x-ray dada dalam format PNG, yang disediakan oleh NIH Clinical Center dan dapat diunduh melalui link ini .

Google Cloud juga menyediakan versi DICOM gambar, tersedia di Cloud Storage .

Dalam tutorial ini, Anda akan men-download file sampel dataset dari repo GitHub

  • Xiaosong Wang, Yifan Peng, Le Lu, Zhiyong Lu, Mohammadhadi Bagheri, Ronald Summers, Rontgen Dada8: Basis Data Rontgen Dada Skala Rumah Sakit dan Tolok Ukur pada Klasifikasi dan Lokalisasi yang Diawasi dengan Lemah dari Penyakit Dada Umum, IEEE CVPR, hlm. 3462 -3471, 2017
curl -OL https://github.com/tensorflow/io/raw/master/docs/tutorials/dicom/dicom_00000001_000.dcm
ls -l dicom_00000001_000.dcm

% Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100   164    0   164    0     0    600      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--   598
100 1024k  100 1024k    0     0  1915k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 1915k
-rw-rw-r-- 1 kbuilder kokoro 1049332 Nov 22 03:47 dicom_00000001_000.dcm

Instal Paket yang diperlukan, dan mulai ulang runtime

try:
  # Use the Colab's preinstalled TensorFlow 2.x
  %tensorflow_version 2.x 
except:
  pass

pip install tensorflow-io

Dekode gambar DICOM

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

import tensorflow as tf

import tensorflow_io as tfio

image_bytes = tf.io.read_file('dicom_00000001_000.dcm')

image = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, dtype=tf.uint16)

skipped = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, on_error='skip', dtype=tf.uint8)

lossy_image = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, scale='auto', on_error='lossy', dtype=tf.uint8)


fig, axes = plt.subplots(1,2, figsize=(10,10))
axes[0].imshow(np.squeeze(image.numpy()), cmap='gray')
axes[0].set_title('image')
axes[1].imshow(np.squeeze(lossy_image.numpy()), cmap='gray')
axes[1].set_title('lossy image');

2021-11-22 03:47:53.016507: E tensorflow/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:271] failed call to cuInit: CUDA_ERROR_NO_DEVICE: no CUDA-capable device is detected

png

Decode DICOM Metadata dan bekerja dengan Tag

decode_dicom_data decode informasi tag. dicom_tags berisi informasi berguna sebagai usia pasien dan seks, sehingga Anda dapat menggunakan DICOM tag seperti dicom_tags.PatientsAge dan dicom_tags.PatientsSex . tensorflow_io meminjam notasi tag yang sama dari paket pydicom dicom.

tag_id = tfio.image.dicom_tags.PatientsAge
tag_value = tfio.image.decode_dicom_data(image_bytes,tag_id)
print(tag_value)

tf.Tensor(b'58', shape=(), dtype=string)

print(f"PatientsAge : {tag_value.numpy().decode('UTF-8')}")

PatientsAge : 58

tag_id = tfio.image.dicom_tags.PatientsSex
tag_value = tfio.image.decode_dicom_data(image_bytes,tag_id)
print(f"PatientsSex : {tag_value.numpy().decode('UTF-8')}")

PatientsSex : M