فك تشفير ملفات DICOM للتصوير الطبي

عرض على TensorFlow.org تشغيل في Google Colab عرض المصدر على جيثب تحميل دفتر

ملخص

وهذا يدل على تعليمي كيفية استخدام tfio.image.decode_dicom_image في TensorFlow IO إلى فك DICOM الملفات مع TensorFlow.

الإعداد والاستخدام

تنزيل صورة DICOM

صورة DICOM المستخدمة في هذا البرنامج التعليمي هو من المعاهد الوطنية للصحة الصدر X-راي مجموعة البيانات .

يتكون NIH الصدر X-راي بيانات من 100000 الصور دي تحديدها من الصدر بالأشعة السينية في شكل PNG، التي يقدمها مركز NIH السريري ويمكن تحميلها من خلال هذا الرابط .

كما يوفر جوجل الغيمة نسخة DICOM الصور، المتوفرة في سحابة التخزين .

في هذا البرنامج التعليمي، سوف تقوم بتحميل ملف عينة من مجموعة البيانات من الريبو جيثب

  • Xiaosong Wang و Yifan Peng و Le Lu و Zhiyong Lu و Mohammadhadi Bagheri و Ronald Summers و ChestX-ray8: قاعدة بيانات الأشعة السينية للصدر على نطاق المستشفى والمعايير المتعلقة بالتصنيف الخاضع للإشراف الضعيف وتوطين أمراض الصدر الشائعة ، IEEE CVPR ، ص 3462 -3471 ، 2017
curl -OL https://github.com/tensorflow/io/raw/master/docs/tutorials/dicom/dicom_00000001_000.dcm
ls -l dicom_00000001_000.dcm

% Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100   164    0   164    0     0    600      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--   598
100 1024k  100 1024k    0     0  1915k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 1915k
-rw-rw-r-- 1 kbuilder kokoro 1049332 Nov 22 03:47 dicom_00000001_000.dcm

قم بتثبيت الحزم المطلوبة ، وأعد تشغيل وقت التشغيل

try:
  # Use the Colab's preinstalled TensorFlow 2.x
  %tensorflow_version 2.x 
except:
  pass

pip install tensorflow-io

فك شفرة صورة DICOM

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

import tensorflow as tf

import tensorflow_io as tfio

image_bytes = tf.io.read_file('dicom_00000001_000.dcm')

image = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, dtype=tf.uint16)

skipped = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, on_error='skip', dtype=tf.uint8)

lossy_image = tfio.image.decode_dicom_image(image_bytes, scale='auto', on_error='lossy', dtype=tf.uint8)


fig, axes = plt.subplots(1,2, figsize=(10,10))
axes[0].imshow(np.squeeze(image.numpy()), cmap='gray')
axes[0].set_title('image')
axes[1].imshow(np.squeeze(lossy_image.numpy()), cmap='gray')
axes[1].set_title('lossy image');

2021-11-22 03:47:53.016507: E tensorflow/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:271] failed call to cuInit: CUDA_ERROR_NO_DEVICE: no CUDA-capable device is detected

بي إن جي

فك تشفير بيانات DICOM الوصفية والعمل مع العلامات

decode_dicom_data يترجم بطاقة المعلومات. dicom_tags يحتوي على معلومات مفيدة كما تقدم المريض في العمر والجنس، بحيث يمكنك استخدام DICOM العلامات مثل dicom_tags.PatientsAge و dicom_tags.PatientsSex . يستعير tensorflow_io نفس رمز العلامة من حزمة pydicom dicom.

tag_id = tfio.image.dicom_tags.PatientsAge
tag_value = tfio.image.decode_dicom_data(image_bytes,tag_id)
print(tag_value)

tf.Tensor(b'58', shape=(), dtype=string)

print(f"PatientsAge : {tag_value.numpy().decode('UTF-8')}")

PatientsAge : 58

tag_id = tfio.image.dicom_tags.PatientsSex
tag_value = tfio.image.decode_dicom_data(image_bytes,tag_id)
print(f"PatientsSex : {tag_value.numpy().decode('UTF-8')}")

PatientsSex : M