بروتين_نيت

• الوصف :

ProteinNet عبارة عن مجموعة بيانات موحدة للتعلم الآلي لبنية البروتين. يوفر تسلسل البروتين ، الهياكل (الثانوية والثالثية) ، محاذاة التسلسل المتعددة (MSAs) ، مصفوفات التسجيل الخاصة بالموقع (PSSMs) ، وتقسيمات التدريب / التحقق / الاختبار الموحدة. يعتمد موقع ProteinNet على تقييمات CASP التي تُجرى كل سنتين ، والتي تنفذ تنبؤات عمياء لهياكل البروتين التي تم حلها مؤخرًا ولكنها غير متاحة للجمهور ، لتوفير مجموعات اختبار تدفع حدود المنهجية الحسابية. وهي منظمة كسلسلة من مجموعات البيانات ، تمتد من 7 إلى 12 (تغطي فترة عشر سنوات) ، لتوفير مجموعة من أحجام مجموعات البيانات التي تمكن من تقييم الأساليب الجديدة في الأنظمة الفقيرة نسبيًا بالبيانات والغنية بالبيانات.

• الصفحة الرئيسية : https://github.com/aqlaboratory/proteinnet

• كود المصدر : tfds.datasets.protein_net.Builder

• إصدارات :

  • 1.0.0 (افتراضي): الإصدار الأولي.

• التخزين المؤقت التلقائي ( التوثيق ): لا

• هيكل الميزة :

FeaturesDict({
    'evolutionary': Tensor(shape=(None, 21), dtype=float32),
    'id': Text(shape=(), dtype=string),
    'length': int32,
    'mask': Tensor(shape=(None,), dtype=bool),
    'primary': Sequence(ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=20)),
    'tertiary': Tensor(shape=(None, 3), dtype=float32),
})

• وثائق الميزة :

• المفاتيح الخاضعة للإشراف (انظر المستند as_supervised ): ('primary', 'tertiary')

• الشكل ( tfds.show_examples ): غير مدعوم.

• الاقتباس :

@article{ProteinNet19,
title = { {ProteinNet}: a standardized data set for machine learning of protein structure},
author = {AlQuraishi, Mohammed},
journal = {BMC bioinformatics},
volume = {20},
number = {1},
pages = {1--10},
year = {2019},
publisher = {BioMed Central}
}

protein_net / casp7 (التكوين الافتراضي)

• حجم التحميل : 3.18 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 2.53 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):

بروتين_net / كاسبي 8

• حجم التحميل : 4.96 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 3.55 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):

بروتين_net / كاسبي 9

• حجم التحميل : 6.65 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 4.54 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):

بروتين_net / الكاسب 10

• حجم التحميل : ٨ ٫ 8.65 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 5.57 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):

بروتين_net / الكاسب 11

• حجم التحميل : 10.81 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 6.72 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):

بروتين_net / الكاسب 12

• حجم التحميل : 13.18 GiB

• حجم مجموعة البيانات : 8.05 GiB

• الانقسامات :

• أمثلة ( tfds.as_dataframe ):